Susunan organisasi Badan terdiri dari :
a. Kepala Badan;
b. Sekretariat terdiri dari :
1. Subbagian Program;
2. Subbagian Keuangan; dan
3. Subbagian Umum dan Kepegawaian.
c. Bidang Perencanaan, Pengendalian dan Evaluasi Pembangunan Daerah terdiri dari:
1. Subbidang Perencanaan;
2. Subbidang Data dan Informasi Perencanaan; dan
3. Subbidang Pengendalian, Evaluasi dan Pelaporan.
d. Bidang Perekonomian dan Sumber Daya Alam terdiri dari :
1. Subbidang Perekonomian; dan
2. Subbidang Sumber Daya Alam.
e. Bidang Infrastruktur dan Kewilayahan terdiri dari :
1. Subbidang Infrastruktur; dan
2. Subbidang Kewilayahan.
f. Bidang Pemerintahan dan Pembangunan Manusia terdiri dari :
1. Subbidang Pemerintahan; dan
2. Subbidang Pembangunan Manusia.
g. Bidang Penelitian dan Pengembangan terdiri dari :
1. Subbidang Sosial dan Pemerintahan;
2. Subbidang Ekonomi dan Pembangunan; dan
3. Subbidang Inovasi dan Teknologi.
h. Kelompok Jabatan Fungsional.
i. Unit Pelaksana Teknis Badan